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# Program: needle
# Rundate: Wed 30 May 2018 14:16:59
# Commandline: needle
#    -outfile /Users/teresatavella/Documents/models_new/seqid30_85/sp_O52271_RPOB_RICPR_4kn4_C/needle.txt
#    -asequence /Users/teresatavella/Documents/models_new/seqid30_85/sp_O52271_RPOB_RICPR_4kn4_C/sp_O52271_RPOB_RICPR_DNA-directed_RNA_polymerase_subunit_beta_OS_Rickettsia_prowazekii_strain_Madrid_E_OX_272947_GN_rpoB_PE_3_SV_1.fa
#    -bsequence /Users/teresatavella/Documents/models_new/seqid30_85/sp_O52271_RPOB_RICPR_4kn4_C/4kn4_C.fa
#    -gapopen 10
#    -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: /Users/teresatavella/Documents/models_new/seqid30_85/sp_O52271_RPOB_RICPR_4kn4_C/needle.txt
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# Aligned_sequences: 2
# 1: sp_O52271_RPOB_RICPR_DNA-directed_RNA_polymerase_subunit_beta_OS_Rickettsia_prowazekii_strain_Madrid_E_OX_272947_GN_rpoB_PE_3_SV_1
# 2: 4kn4_C_mol_protein_length_1342__DNA-directed_RNA_polymerase_subunit_beta
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 1384
# Identity:     743/1384 (53.7%)
# Similarity:  1006/1384 (72.7%)
# Gaps:          59/1384 ( 4.3%)
# Score: 3791.0
# 
#
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sp_O52271_RPO      1 MVSLRDNIESQPLSHNRRIRKNFGHINLVADIPNLIEIQKNSYEKNFLQL     50
                                    .:||||:||....|.|:|.|:.||.:|::| |:: 
4kn4_C_mol_pr      1 ---------------KKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQK-FIE-     33

sp_O52271_RPO     51 NIKDSERKNKGLQSILNSIFPISDSSNIANLEFVKYEFDTPKYDVDECSQ    100
                       :|.|.: .||::...|:|||...|..:.|::|.|....|.:||.||..
4kn4_C_mol_pr     34 --QDPEGQ-YGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVFDVQECQI     80

sp_O52271_RPO    101 RSLSYAAPLKVTLRLSIWDIDEDTGTREIKGIKEQEVYMGDIPLMTKNGT    150
                     |.::|:|||:|.|||.|::.:...||  :|.|||||||||:|||||.|||
4kn4_C_mol_pr     81 RGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGT--VKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGT    128

sp_O52271_RPO    151 FIINGTERVVVSQMHRSPGVFFYHDEGKVHSSGKLLYSARVIPYRGSWLD    200
                     |:|||||||:|||:||||||||..|:||.|||||:||:||:|||||||||
4kn4_C_mol_pr    129 FVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSDKGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLD    178

sp_O52271_RPO    201 FEFDAKDIIYFRIDRKRKLYATTLLRAIGMSTEEIIKFYYNSVTYKFVKN    250
                     ||||.||.::.||||:|||.||.:|||:..:||:|:..::..|.::...|
4kn4_C_mol_pr    179 FEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDN    228

sp_O52271_RPO    251 KGWSVKFIPQHITAHRLTSDLVDADTGNVLLKAGQKITPRLAQKYFGVGL    300
                     | ..::.:|:.:.....:.| ::|: |.|.::.|::||.|..::.....:
4kn4_C_mol_pr    229 K-LQMELVPERLRGETASFD-IEAN-GKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDV    275

sp_O52271_RPO    301 NNILVTHETLIGKYLSEDLRDPASDEVLAKIGEMITSDMLKVINDLKIKN    350
                     ..|.|..|.:.||.:::|..|.::.|::......::.|:|..::....|.
4kn4_C_mol_pr    276 KLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLDLLAKLSQSGHKR    325

sp_O52271_RPO    351 VNVLVINP-QSGSYIRNTLFADKNQDREAALCDIFRVLRPGEPANIEAAE    399
                     :..|..|. ..|.||..||..|...||.:||.:|:|::|||||...||||
4kn4_C_mol_pr    326 IETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAE    375

sp_O52271_RPO    400 SLFYNLFFDAERYDLSEVGRIKMNSRLELNISEEVT---VLTIDDIKNIV    446
                     |||.||||..:|||||.|||:|.|..|   :.||:.   :|:.|||.:::
4kn4_C_mol_pr    376 SLFENLFFSEDRYDLSAVGRMKFNRSL---LREEIEGSGILSKDDIIDVM    422

sp_O52271_RPO    447 RILVELKDGKGIIDDIDHLGNRRVRSVGELIENQFRIGLVRMEKSVIERM    496
                     :.|:::::|||.:||||||||||:|||||:.|||||:||||:|::|.||:
4kn4_C_mol_pr    423 KKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERL    472

sp_O52271_RPO    497 SAGDVDTVMPHDLVNSKILVSVVKEFFSTSQLSQFMDQTNPLSEITHKRR    546
                     |.||:||:||.|::|:|.:.:.|||||.:|||||||||.|||||||||||
4kn4_C_mol_pr    473 SLGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRR    522

sp_O52271_RPO    547 LSALGPGGLSRDRAGFEVRDVHPTHYGRICPIETPEGQNIGLINSMATYA    596
                     :||||||||:|:||||||||||||||||:||||||||.|||||||::.||
4kn4_C_mol_pr    523 ISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCPIETPEGPNIGLINSLSVYA    572

sp_O52271_RPO    597 RINKHGFIESPYRRVKNGYVTDEVVYLSAIEEGKYKIGQANSKVDQDGKL    646
                     :.|::||:|:|||:|.:|.||||:.||||||||.|.|.||||.:|::|..
4kn4_C_mol_pr    573 QTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHF    622

sp_O52271_RPO    647 QGEFINCRVEGGNFVMVEPDEVDFIDVTPMQVVSVAASLIPFLENDDANR    696
                     ..:.:.||.:|.: .:...|:||::||:..|||||.||||||||:|||||
4kn4_C_mol_pr    623 VEDLVTCRSKGES-SLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANR    671

sp_O52271_RPO    697 ALMGSNMQRQAVPLIKTEAPFVGTGVEGVVAKDSGASVLALHDGIVERVD    746
                     ||||:||||||||.::.:.|.||||:|..||.|||.:.:|...|:|:.||
4kn4_C_mol_pr    672 ALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKRGGVVQYVD    721

sp_O52271_RPO    747 SNRIVIRTLEQKV-DGSPSVDIYNLLKFQKSNHNTCINQKPLVKVGHYVK    795
                     ::||||:..|.:: .|...:|||||.|:.:||.||||||.|.|.:|..|:
4kn4_C_mol_pr    722 ASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVE    771

sp_O52271_RPO    796 KNDIIADGPSTDNGEIALGRNVLVAFLPWNGYNFEDSILISERIVKEDVF    845
                     :.|::|||||||.||:|||:|:.|||:||||||||||||:|||:|:||.|
4kn4_C_mol_pr    772 RGDVLADGPSTDLGELALGQNMRVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRF    821

sp_O52271_RPO    846 TSIHIEEFEVIARDTRLGPEEITRDIPNVSEEALRHLDEVGIIYVGAEVK    895
                     |:|||:|...::|||:|||||||.|||||.|.||..|||.||:|:||||.
4kn4_C_mol_pr    822 TTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVT    871

sp_O52271_RPO    896 AGDILVGKVTPKSESPITPEEKLLRAIFGEKAFDVKDSSLHVPSGVSGTV    945
                     .|||||||||||.|:.:|||||||||||||||.|||||||.||:||||||
4kn4_C_mol_pr    872 GGDILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTV    921

sp_O52271_RPO    946 VEVRIFSRRGVEKDQRAIAIEKQQIEKLAKDRDDELEIIEHFVFSWLEKL    995
                     ::|::|:|.|||||:||:.||:.|:::..||..:||:|:|..:||.:..:
4kn4_C_mol_pr    922 IDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDLSEELQILEAGLFSRIRAV    971

sp_O52271_RPO    996 LVGHVIINGPKQITAGQTITTEMLKGLSKGQLWQITVEDANVMNEIEQIK   1045
                     ||            || .:..|.|..|.:.:..::.:.|....|::||:.
4kn4_C_mol_pr    972 LV------------AG-GVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLA   1008

sp_O52271_RPO   1046 IHYDEKKYALDKRFTTKVEKLQSGDDLPQGALKVVKVFIATKHKLQPGDK   1095
                     ..|||.|:..:|:...|..|:..||||..|.||:|||::|.|.::|||||
4kn4_C_mol_pr   1009 EQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGDDLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDK   1058

sp_O52271_RPO   1096 MAGRHGNKGVISRIVPEEDMPFLEDGTVVDIVLNPLGLPSRMNIGQILET   1145
                     ||||||||||||:|.|.||||:.|:||.|||||||||:||||||||||||
4kn4_C_mol_pr   1059 MAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILET   1108

sp_O52271_RPO   1146 HLGWASINLAKKISTLVKEYKDNHIDIEEIKKFLLELY--GKDINYILE-   1192
                     |||.|:..:..||:.::|:.:    ::.::::|:...|  |.|:...:: 
4kn4_C_mol_pr   1109 HLGMAAKGIGDKINAMLKQQQ----EVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDL   1154

sp_O52271_RPO   1193 --GSEEEIISFCNKVSKGVYFATPVFDGAKVQDVKDMLELAGQDLSGQVK   1240
                       .|:||::.....:.||:..|||||||||..::|::|:|.....|||::
4kn4_C_mol_pr   1155 STFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLKLGDLPTSGQIR   1204

sp_O52271_RPO   1241 LIDGRTGEYFDRLVTVGHKYLLKLHHLVDNKIHSRSIGPYSLVTQQPLGG   1290
                     |.||||||.|:|.||||:.|:|||:||||:|:|:||.|.|||||||||||
4kn4_C_mol_pr   1205 LYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGG   1254

sp_O52271_RPO   1291 KSHFGGQRFGEMECWALQAYGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRIKTYDSIVRG   1340
                     |:.||||||||||.|||:||||||||||||||||||||||.|.|.:||.|
4kn4_C_mol_pr   1255 KAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDG   1304

sp_O52271_RPO   1341 ENNFESGIPESFNVMIKEFRSLCLNVKLEVTPSK   1374
                     .:..|.|:||||||::||.|||.:|::||..   
4kn4_C_mol_pr   1305 NHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE---   1335


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